Postes & Stages offerts à l'IGDR (Post-Docs, Thèses, Stages, CDD ... )
Dernière mise à jour : 18-Jan-2012

Publication 18-01-2012
Post-doc
Contact : Pei-Yun WU
Equipe : Duplication et maintenance du génome

A post-doctoral position is available starting immediately in the Genome Duplication and Maintenance group of Dr. Pei-Yun Jenny Wu at the Institute of Genetics and Development of Rennes (IGDR) in Brittany, France. Our laboratory uses the fission yeast Schizosaccharomyces pombe to investigate the control of DNA replication, the consequences of altering the program of DNA replication on cellular function, and the participation of the multiple layers regulating DNA synthesis in the maintenance of genome integrity. We are seeking candidates to conduct a project that will focus on the fundamental parameters that determine the organization and selection of replication origins. This work will utilize a combination of methodologies, including microarray and single molecule analyses of DNA replication.

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Publication 20-12-2011
Post-doc
Contact : Damien COUDREUSE
Equipe : Evolution et architecture de circuits génétiques eucaryotes (ATIP CNRS)

A post-doctoral position supported by the CNRS-INSERM ATIP/Avenir program is available starting in the first half of 2012 in the group of Dr. Damien Coudreuse at the Institute of Genetics and Development of Rennes (IGDR), France (http://igdr.univrennes1. fr/equipes/fichiers_equipe/Equipe_Coudreuse.html). Research in this newly established laboratory will be based on a combination of genetic and synthetic approaches and investigates the variability, dynamics and evolution of simple genetic circuits, using the fission yeast cell cycle as a model network..

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Publication 21-11-2011
Post-doc
Contact : Sébastien HUET
Equipe : Dynamique de l'architecture chromatinienne (Chaire CNRS-UR1)

One post-doctoral position is available in the team "Dynamic of the Chromatin Architecture", headed by Dr. Sébastien Huet, for a period of 2 or 3 years starting early 2012. Using biophysical approaches and fluorescence microscopy techniques, the team aims at characterizing the dynamic architecture of the nucleus in the context of the regulation of gene expression. The recruited post-doctoral fellow will be involved in the setting up of a super-resolution system to image with unprecedented spatial resolution the chromatin folding in the interphase nucleus.

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Publication 06-07-2011
Post-doc
Contact : Roland LE BORGNE
Equipe : Polarité cellulaire, trafic membranaire et signalisation (ATIP CNRS)

A post-doctoral position is available in the laboratory of Roland Le Borgne for a period of 2 or 3 years starting early 2012. We are interested in functional characterization of the role of clathrin adaptor AP-1 in the spatio-temporal regulation of the Notch signaling pathway and the regulation of epithelial cell polarity. The proposed project aims to gain further insight in the function of AP-1 during Drosophila development using different type of microscopy alongside biochemical, cell biology and genetic approaches.

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Publication 05-10-2011
Master 2 (biophysique / modélisation / calcul scientifique)
Contact : Jacques PÉCRÉAUX
Equipe : Une ingénierie inverse de la division cellulaire (CeDRE)

Période : janvier à mai 2012

L’un des projets de l’équipe applique une telle approche à la compréhension du fuseau mitotique comme systèmes physique complexe, se focalisant sur ses propriétés mécaniques en lien avec sa fonction biologique.

Contexte du stage :
L’un des projets de l’équipe applique une approche interdisciplinaire, combinant expérience in vivo et modélisation physique, à la compréhension du fuseau mitotique comme système physique complexe. Le projet se focalisant sur ses propriétés mécaniques en lien avec sa fonction biologique. L’utilisation de transformées de Fourier à fenêtre glissante suggère un comportement mécanique globalement invariant au cours du temps malgré les changements de structure importants du fuseau. Toutefois, la transition métaphase-anaphase, liée à la séparation des chromatides soeurs reste très marquée. Par contre aucune modélisation ne rend compte de ces premières caractéristiques.

Cadre et compétences pour le stage :
L’objectif du stage sera défini précisément avec l’étudiant en fonction de ses compétences et de ses attentes. Il comprendra par exemple certains des thèmes suivants :

- l’exploitation de données expérimentales, en particulier des micro-mouvements du fuseau, par le calcul scientifique (compétences : programmation, analyse du signal, mathématiques appliqués, analyse de Fourier, analyse de corrélation),
- modélisation et/ou simulation numérique (compétences : mécanique, physique statistique, programmation, calcul différentiel et optimisation numérique) visant à explorer quel comportement du fuseau peuvent émerger des interactions des composants microscopiques, eux-mêmes caractérisés individuellement par ailleurs.
- effectuer les expériences elles-mêmes, en modulant les composants microscopiques afin de comparer les prédictions théoriques avec le comportement mécanique observé expérimentalement (compétences : microscopie optique, biologie).

Approche de l’équipe :
Comment un système biologique peut-il remplir sa tâche avec une extraordinaire efficacité et robustesse malgré sa grande complexité et variabilité ? L’équipe s’intéresse à cette question dans le cadre de la division cellulaire. Elle vise à la comprendre et à la modéliser, avec un intérêt particulier pour la mécanique des divisions asymétriques et ce, en partant des propriétés des composants élémentaires tels les microfilaments, leurs régulateurs et les moteurs moléculaires. L’équipe est interdisciplinaire : elle combine biologie, microscopie et modélisation biophysique basée sur une quantification des expériences par la physique expérimentale, l’analyse d’image et du signal.

Ce stage pourra déboucher sur une thèse à dominante modélisation ou expérimental.

 

Publication 05-10-2011
Master 2 (bio-informatique / biologie des systèmes)
Contact : Jacques PÉCRÉAUX
Equipe : Une ingénierie inverse de la division cellulaire (CeDRE)

Période : janvier à mai 2012

Contexte du stage :
Dans le cadre de la modélisation de la mécanique de la division cellulaire, l’équipe génère des données phénotypes très détaillées sur des gènes pris dans diverses voies de signalisation. Ces gènes sont choisis pour leur rôle potentiel dans la mécanique de la division cellulaire, tel le positionnement du fuseau, la localisation des générateurs de force ou la régulation mécanique de la longueur du fuseau. Toutefois, un système tel que le fuseau mitotique ne peut être compris sans envisager l'interaction de ses nombreux composants. Ses propriétés spécifiques vont au-delà de la “somme” des caractéristiques individuelles de ses composants. Dans cette perspective, il est important d’identifier les autres acteurs impliqués dans les mêmes voies. Tirant avantage des nombreuses données disponibles, il parait judicieux de former une carte combinant : (i) les interactions démontrées chez le nématode, voire celle supposée via les homologies en particulier avec l’homme ; (ii) les données phénotypiques des banques de données et de l’équipe ; (iii) la localisation des protéines correspondantes (souvent basée sur des travaux chez l’homme). Enfin, au travers d’une pondération de la proximité de chaque gène, envisager un regroupement en clusters.

Cadre et compétences pour le stage :
L’objectif du stage sera défini précisément avec l’étudiant en fonction de ses compétences et de ses attentes. Il comprendra les étapes suivantes :

- Adaptation d’une plateforme modulaire de visualisation ;
- Établir une méthode pour annoter utilement la base de données phénotypique de l’équipe ;
- Interroger les bases de données telles wormbase, mitocheck, BaCe, phenobank... pour construire une carte multidimensionnelle ;
- Analyser cette carte et en particulier mettre en évidence des clusters révélant des gènes potentiellement dans une voie similaire.

Approche de l’équipe :
Comment un système biologique peut-il remplir sa tâche avec une extraordinaire efficacité et robustesse malgré sa grande complexité et variabilité ? L’équipe s’intéresse à cette question dans le cadre de la division cellulaire. Elle vise à la comprendre et à la modéliser, avec un intérêt particulier pour la mécanique des divisions asymétriques et ce, en partant des propriétés des composants élémentaires tels les microfilaments, leurs régulateurs et les moteurs moléculaires. L’équipe est interdisciplinaire : elle combine biologie, microscopie et modélisation biophysique basée sur une quantification des expériences par la physique expérimentale, l’analyse d’image et du signal.

 

Publication 12-07-2011
Master 2 SCMV
Contact : Christelle BENAUD
Equipe : Cycle cellulaire

Période : janvier à mai 2012

Titre : Étude du rôle de l’annexine 2 lors de la cytocinèse

Lors de la mitose, la ségrégation des chromosomes est couplée à la cytocinèse. Une erreur dans ces processus résulte en de l’instabilité génomique. L’annexine 2 est une protéine liant le calcium et les lipides membranaires qui est impliquée dans la dynamique du cytosquelette et des membranes. Son identification lors d’un crible protéomique des protéines associées au fuseau mitotique et son interaction avec les PiP2 et les endosomes de recyclage en fait un acteur potentiel de la mitose. La diminution de l’expression de l’annexine 2 par ARNi résulte en la formation de cellules binucléées. L’analyse par vidéomicroscopie indique un défaut de cytocinèse due à un relâchement  de l’anneau de contraction avant la formation du corps intermédiaire. Une caractérisation plus précise du défaut de cytocinèse par microscopie confocale de type spinning disk en temps réel dans des cellules exprimant la tubuline GFP montre que le fuseau central en anaphase ne s’organise pas correctement. De plus, une diminution à la membrane plasmique des régulateurs de l’anneau contractile, l’aniline et la petite GTPase Rho A est nettement observée.

Le projet de stage a pour but d’élucider les mécanismes moléculaires impliqués via l’identification de partenaire de l’annexine 2 au niveau du fuseau mitotique.

Publication 28-06-2011
Master 2 SCMV
Contact : Agnès MÉREAU
Equipe : Expression génétique et développement

Période : janvier à mai 2012

Titre : Etude de la structure des complexes d'initiation de la traduction dans l'oeuf de xénope

Situation du sujet et justification
La traduction est principalement régulée au niveau de son étape d’initiation qui consiste à associer tous les partenaires : le ribosome est recruté sur l'ARNm et se positionne sur le codon de démarrage. L’association codon de démarrage-anticodon de l'ARNt initiateur (méthionine) au site P (Peptidyl) du ribosome apporte le premier acide aminé de la chaîne peptidique à synthétiser. Cette étape détermine le cadre de lecture du messager. Pour la mener à bien, le ribosome est assisté par de nombreux facteurs protéiques supplémentaires appelés facteurs de démarrage (eukaryotic initiation factors: eIFs). Les ARNm eucaryotes portent à leur extrémité 5’ une "coiffe" (m7GpppN) qui intervient dans leur recrutement par le ribosome, suivie d’une région 5’ non traduite (5’UTR). Ils portent à leur extrémité 3’ une queue poly-A sur lesquelles se fixent de nombreuses copies de la protéine PABP (poly-A binding protein). Les facteurs d’initiation et les protéines PABP permettent l’assemblage des différents complexes de démarrage de la traduction qui permettent la formation du complexe de pré-démarrage 43S, l’activation de l’ARNm et recrutement par le ribosome, le balayage dans le sens 5’ vers 3’ jusqu’au codon initiateur, la formation du complexe de pré-démarrage 48S et enfin la formation du complexe de démarrage complet 80S. Il n'existe à ce jour aucune structure de ces complexes de démarrage eucaryotes.
L’objectif de ce stage est d’obtenir des fractions enrichies de ces différents complexes d’initiation de la traduction afin de pouvoir en étudier la structure par cryo-microscopie électronique.

Méthodologie et stratégie expérimentale
En utilisant un système de traduction in vitro, nous allons assembler les complexes de traduction autour d'un ARNm rapporteur et les isoler pour les observer par des techniques de cryo-microscopie électronique et reconstruction d’images 3D.
- Le système de traduction in vitro que nous allons utiliser est celui des extraits d'œuf de xénope qui permet l'étude des régulations de l'expression des gènes dans un contexte où toute l'activité de transcription est silencieuse.
- L'ARNm contiendra une phase ouverte de lecture codant la luciférase qui permettra de mesurer l'activité traductionnelle de l'extrait cellulaire. Il contiendra également dans sa partie 5'UTR, une structure tige-boucle capable de fixer un ligand. La purification des complexes se fera en utilisant un oligonucléotide biotinylé qui s’hybridera sur la 3’UTR de l’ARNm rapporteur et des billes de streptavidine.
Plusieurs stratégies nous permettront de bloquer l'assemblage du complexe de démarrage de la traduction à différentes étapes et d'obtenir des fractions qui seront enrichies en complexes correspondant à différentes étapes de l'initiation de la traduction. Ce taux d'enrichissement sera suivi par quantification des ARN ribosomaux 18S et 26S en RT-qPCR et des facteurs eIF, à l'aide d'anticorps commerciaux notamment dirigés contre eIF4E, eIF4G et ePAB. Ces fractions seront ensuite analysées par cryo-microscopie électronique dans l'équipe de Reynald Gillet.

Ce travail sera réalisé en collaboration étroite avec deux chercheurs (Agnès Méreau et Vincent Legagneux) et un Enseignant-Chercheur (Luc Paillard) et en collaboration avec l’équipe de Reynald Gillet (équipe Structure and Dynamic of Macromolecules, UMR6026, Campus de Beaulieu)

Publication 28-06-2011
Master 2 SCMV
Contact : Jean-Pierre TASSAN
Equipes : Division et polarité cellulaire

Période : janvier à mai 2012

Titre : Etude de la division cellulaire : recherche de partenaires de la kinase mitotique MELK.

Les défauts de cytodiérèse (séparation physique des deux cellules filles pendant la mitose) mènent à une instabilité génétique qui est une caractéristique des cellules cancéreuses. Notre recherche est focalisée sur MELK (Maternal Embryonic Leucine zipper Kinase, aussi appelée pEg3) une protéine kinase très finement contrôlée au cours du cycle cellulaire. Des niveaux élevés de MELK sont corrélés à la malignité et au pronostique défavorable pour certains cancers, ce qui positionne MELK comme un nouveau marqueur de la progression tumorale.

Nous utilisons deux modèles d’étude: les cellules humaines en culture et l’embryon précoce de xénope qui présente une phase de prolifération cellulaire très intense. Dans ces deux modèles, nous avons montré que MELK fait l'objet de régulations multiples et sophistiquées portant sur son expression, son activité, sa phosphorylation, sa stabilité et sa localisation sub-cellulaire. Nos résultats récents de knockdown et de surexpression indiquent que l’activité de MELK est importante pour la cytodiérèse dans l’embryon précoce de xénope. Une propriété importante de MELK est sa redistribution au cortex cellulaire lorsque les cellules passent en anaphase. Cette re-localisation corticale de MELK est corrélée avec son rôle dans la division cellulaire. Les mécanismes qui contrôlent la redistribution de MELK dans la cellule sont inconnus. Cependant, nous avons mis en évidence la co-localisation et l’interaction de MELK avec l’anilline, une protéine d’assemblage de complexes multiprotéiques connue pour son rôle dans la cytodiérèse. L’objectif du projet est d’identifier les autres composants du complexe macro-moléculaire incluant MELK et de caractériser leur mode d’action dans le mécanisme de cytodiérèse. Cette recherche se fera par un crible protéomique. La stratégie consistera à exprimer dans les embryons de xénope la protéine MELK en fusion avec une étiquette FLAG et de l’immunoprécipter avec les anticorps anti-étiquette. Les partenaires co-immunoprécipités seront identifiés pas spectrométrie de masse et leurs rôles dans la cytocinèse seront analysés.

 

Publication 23-06-2011
Master 2 SCMV
Contact : Sébastien HUET
Equipe : Dynamique de l’architecture de la chromatine

Période : janvier à mai 2012

Au sein du noyau des cellules eucaryotes, la chromatine présente une architecture multi-échelle complexe. Si, en condition "stationnaire", cette architecture semble relativement stable tout au long de l'interphase, il a en revanche été montré qu'elle pouvait subir des modifications importantes en réponse à des signaux extérieurs. En particulier, l'activation ou la répression de gènes est associée à des changements de niveaux de compaction de la chromatine et à des repositionnements des gènes cibles. L'objectif de ce stage est d'étudier la dynamique du processus de réorganisation de la structure chromatinienne en réponse à la modulation de la transcription en utilisant les gènes oestrogéno-régulés comme système "modèle".

Ce projet utilisera des techniques de marquage en fluorescence de chromosomes uniques ou de gènes sur cellules vivantes, ces techniques étant déjà fonctionnelles ou à développer. L'observation du processus de réorganisation de la chromatine en réponse à la présence d'estradiol sera réalisée par microscopie confocale 3D+t. L'analyse quantitative des séquences d'images obtenues nécessitera le développement d'outils à l'interface entre le traitement d'images et la physique des polymères.

Publication 17-06-2011
Master 2 SCMV
Contact : Jean-Pierre TASSAN & Marc TRAMIER
Equipes : Division et polarité cellulaire & Microscopie de fluorescence quantitative

Période : janvier à mai 2012

Titre : Suivi dynamique de bio-senseurs FRET d’activité kinase MELK et de tensions mécaniques corticales au cours de la cytodiérèse dans l’embryon de Xénope

Résumé :
MELK (Maternal Embryonic Leucine zipper Kinase, aussi appelée Eg3) est une protéine kinase dépendante du cycle cellulaire mise en évidence dans le Xénope et conservée chez l’homme. Il a déjà été montré que, dans l’embryon de Xénope, MELK se concentre au site de division cellulaire durant la cytodiérèse. Un bio-senseur de FRET (Forster Resonance Energy Transfer) constitué de la CFP (Cyan Fluorescent Protein) comme donneur et de la YFP (Yellow Fluorescent Protein) comme accepteur fusionné en N- et C-ter de MELK  a déjà été construit et, exprimé dans l’embryon de Xénope, montre un réarrangement dynamique de la conformation de MELK reflétant son activité lorsque celui-ci se concentre au sillon de division. Un autre bio-senseur utilisant la vinculine a permis de mesurer les tensions mécaniques corticales au sein de l’embryon.
Le développement de bio-senseurs de FRET est un sujet d’intérêt pour pouvoir suivre des activités biochimiques en microscopie de fluorescence sur échantillons vivants. Deux aspects méthodologiques seront particulièrement étudiés : (i) mesure quantitative des bio-senseurs par FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy), prototype nouvellement installé à l’IGDR et (ii) développement de sondes utilisant l’homoFRET par anisotropie de fluorescence pour un suivi simultané de plusieurs bio-senseurs.
Ce projet, à l’interface physique-biologie, se propose donc d’utiliser l’approche des bio-senseurs FRET pour suivre in vivo dans l’embryon de Xénope simultanément l’activité de MELK et les tensions mécaniques. Le projet conjuguera des méthodes de biologie moléculaire pour la construction des différentes sondes, de préparation des embryons de Xénope, et de techniques de FRET par FLIM et anisotropie de fluorescence sous microscope.

 

Publication 14-06-2011
Master 2 SCMV
Contacts : Virginie GANDEMER
Equipe : Régulation transcriptionnelle et oncogenèse (RTO)

Période : janvier à mai 2012

Une offre de master 2 est proposée dans l’équipe Gene Expression and Oncogenesis (MD Galibert) de l’UMR 6061 du CNRS (IGDR, C Prigent) sur la thématique « Physiopathologie des leucémies aigues lymphoblastiques présentant un remaniement TEL/AML1 » sous la responsabilité de V. Gandemer. Le groupe vise d’une part à caractériser les mécanismes conduisant à la transformation leucémique des cellules porteuses du réarrangement TEL/AML1 à l’aide du modèle « zebrafish » et d’autre part à explorer les propriétés de migration et d’invasion de ces blastes dans des modèles cellulaires et de xénogreffes de souris.

 

Publication 14-06-2011
Master 2 SCMV
Contacts : Roland LE BORGNE
Equipe : Polarité cellulaire, trafic membranaire et Signalisation (ATIP+ CNRS)

Période : janvier à mai 2012

Une proposition de stage de M2 est disponible au sein de l’équipe de recherche ATIP+ CNRS sous la responsabilité de Roland Le Borgne (http://openwetware.org/wiki/LeBorgne) à l’Institut de recherche et Développement de Rennes (IGDR). L’équipe de recherche s’intéresse aux divisions cellulaires asymétriques qui constituent l'un des processus fondamentaux par lesquels la diversité est générée au cours du développement. Comment une cellule peut engendrer deux cellules filles aux identités distinctes et comment un défaut de cette asymétrie peut contribuer au cancer sont deux questions fondamentales auxquelles nous nous intéressons. L’objectif du stage est de comprendre au niveau cellulaire et moléculaire le rôle du complexe protéique AP-1 dans le contrôle de la voie de signalisation Notch et la polarité cellulaire. Le projet combine des approches de génétique de la drosophile et des techniques de pointe de biologie cellulaire et moléculaire incluant la vidéo-microscopie sur animal vivant par microscopie confocale spectrale, l’analyse clonale, la transgénèse, le recombineering,…

Le projet est financé par le CNRS-programme ATIP, l’Institut National du Cancer, la Ligue contre le cancer, et l’Agence Nationale pour la Recherche.